항문협착증의 경우에 비수술적인 치료방법으로는 근치되기 어렵다.

항문협착증의 가장 좋은 치료방법은 수술하여 좁은 항문을 정상크기의 항문으로 만들어 주는 것이다.
항문이 너무 좁아서 정상 변이 나오지 않고 설사 형태로만 변이 통과할 정도로 심각한 경우에도 피부판 이식수술하여 정상적인 크기의 항문으로 만들어 줄 수 있다. 기술과 전문지식을 필요로 하는 복잡한 수술이지만 입원없이 수술할 수 있고 수술 후 앉거나 걸을 수 있고 운전하고 집에 갈 수 있다.